Zusätzlich zum EES hat die EU gegenwärtig drei zentralisierte Informationssysteme für ihre Grenzen entwickelt:
- Schengener Informationssystem (SIS)
- Visa-Informationssystem (VIS)
- Europäische Datenbank zur Erfassung der Fingerabdrücke von Asylbewerbern (EURODAC)
Diese drei Systeme ergänzen einander und sind mit Ausnahme des SIS in erster Linie für Drittstaatsangehörige bestimmt. Sie unterstützen die nationalen Behörden auch bei der Kriminalitäts- und Terrorismusbekämpfung.
Voraussichtlich wird kurz nach der Inbetriebnahme des EES ein viertes zentralisiertes Informationssystem – das Europäische Reiseinformations- und -genehmigungssystem (ETIAS) – zur Anwendung kommen. Es betrifft von der Visumpflicht befreite Drittstaatsangehörige. Im Gegensatz zum Visa-Informationssystem (das Informationen zu Schengen-Visa enthält) wird ETIAS Informationen über Reisegenehmigungen für Drittstaatsangehörige enthalten, die visumfrei in die 30 europäischen Länder einreisen, die das ETIAS einführen.
Das Einreise-/Ausreisesystem und die anderen erwähnten Systeme werden Teil der Interoperabilität der EU-Informationssysteme sein, die einen zusätzlichen Beitrag zur korrekten Identifizierung von Personen, deren Daten in diesen IT-Systemen gespeichert sind, und damit zur Bekämpfung des Identitätsbetrugs leisten wird.